影响心脏 甲状腺激素对心脏和血管有着直接的影响。甲状腺激素的缺乏会导致心血管系统功能的紊乱，包括心跳频率、心输出量。全身血管阻力变化也与甲状腺状态密切相关。对亚临床甲减患者进行超声多普勒检查显示，未发现心脏结构的异常但左心室收缩和舒张功能存在轻度异常。具体表现为左心室收缩时间延长，而且TSH水平越高，延长的时间越长。左心室等容舒张期时间也明显延长。 影响血脂 甲状腺激素也影响血脂状态。许多研究表明，SH患者的总胆固醇水平及低密度脂蛋白（LDL）胆固醇水平升高。尽管脂质和SH之间的明确关系尚未确定，不过一些研究发现TSH＞10mU/l且吸烟的患者脂质异常状态更严重。SH患者动脉粥样硬化风险也相对增加。此外，SH患者的血凝状态异常风险可能也增加。 影响大脑 一些但非全部研究表明，焦虑和抑郁与SH存在一定相关性。中年SH患者的观察性研究显示，与甲状腺功能正常者相比SH患者出现抑郁情绪更频繁。虽然甲状腺激素缺乏会导致情感和认知功能紊乱，但SH对其影响尚不完全清楚。因为大部分SH由自身免疫过程引起，可能存在甲状腺过氧化物酶（TPO）和甲状腺球蛋白抗体浓度的增加。这些抗体可引起脑功能障碍，称为桥本脑病（Hashimotoencephalopathy）。 影响肌肉 亚临床甲减状态可能与骨骼肌的轻度受损相关。一项研究纳入12例自诉休息和锻炼期间存在神经肌肉问题的SH患者。分析发现，与对照组相比，SH患者运动时骨骼肌乳酸和丙酮酸的生成量显著更高。SH患者的肌肉能量代谢可能会受到干扰。
