亚临床甲减治疗与甲减治疗相同。可以采用食疗（含碘食物），对于某些由于碘缺乏引起的亚临床甲减，补充制造甲状腺激素的原料——碘来治疗。但是对TPOAB水平高的患者慎用，过高的碘摄入，会引发甲状腺炎，加重甲减程度。也可采用口服甲状腺激素（药物）替代治疗。 甲状腺激素可以分为两种：一种是左旋甲状腺素（L-T4），另一种为甲状腺素片（生物制剂，T3和T4混合物）。我们通常建议使用L-T4对患者进行治疗，尤其是怀孕妇女。由于FT3不能通过胎盘，胎儿所需的甲状腺激素全靠母体的FT4来供给。而只要母体的FT3或FT4有一个高，就会抑制母体的TSH。 所以怀孕的亚临床甲减妇女应选用左旋甲状腺素（L-T4），而不宜选用甲状腺片。否则就有可能因过高的FT3压制了TSH，导致产生TSH低于2.5mIU/L的假象,而胎儿所需的FT4并没有足够，最后影响胎儿智力发育。 对于某些已使用足量T4治疗亚临床甲减患者，仍有不适症状的，可以试用T3+T4联合治疗，有文献报道，T3+T4联合治疗可能改善健康状况，并可能有抗抑郁的作用，虽然这个作用并不确切，还有待更多的研究。
